Στο τέλος της Εποχής του Χαλκού (Μυκηναϊκή ή 13η χιλιετία π.Χ.) και κατά τους ιστορικούς χρόνους το σπήλαιο Σκοτεινή στα Θαρρούνια της κεντρικής Εύβοιας χρησιμοποιείται κατά διαστήματα ως χώρος λατρείας. Αυτό συμβαίνει μετά από αιώνες οικιακών δραστηριοτήτων κατά τη Νεολιθική και την Πρώιμη Εποχή του Χαλκού. Στη σύντομη περίοδο της λατρείας κατά τη Μυκηναϊκή, οι επισκέπτες ανάβουν πυρά στο χώρο και χρησιμοποιούν κύλικες (με διακόσμηση σπειρών, τριγλύφων, μίσχων, κυματοειδών γραμμών, ρόμβων), έναν ψευδόστομο αμφορέα και χονδροειδή αγγεία μεγάλων διαστάσεων. Ανάμεσά τους φέρνουν και ένα Ψ-σχημο ειδώλιο.
Ακολουθούν λίγοι αιώνες κατά τους οποίους στο σπήλαιο δεν υπάρχει ίχνος ανθρώπινης παρουσίας. Nέοι επισκέπτες έρχονται για λατρευτικό σκοπό κατά τη Γεωμετρική περίοδο τον 7ο αιώνα και μετά πάλι κατά τον 5ο και 4ο αιώνα π.Χ. Τα κατάλοιπα αυτής της χρήσης περιλαμβάνουν τμήματα σκύφων με γεωμετρική διακόσμηση την πρώτη περίοδο και στη συνέχεια θραύσματα λύχνων, μελανόμορφων αγγείων, ερυθρόμορφων κρατήρων, αλλά και χονδροειδών αγγείων. Ένα ιδιαίτερο εύρημα είναι τα τμήματα από κεραμικές μελισσοκυψέλες: δημιουργούν απορία για το ρόλο τους σε σπήλαιο. Είχαν πρακτική χρήση ή κάποια σημασία ως αφιερώματα; Σποραδικά αντικείμενα ανήκουν στους ρωμαϊκούς χρόνους (3ος αιώνας μ.Χ.) και υποδηλώνουν την τελευταία περίοδο των λατρευτικών επισκέψεων.
Από τα ευρήματα αυτά συμπεραίνεται ότι το σπήλαιο Σκοτεινή στέγασε ιερό από τους Μυκηναϊκούς χρόνους και μετέπειτα, ωστόσο για μικρά και σποραδικά διαστήματα. Το φαινόμενο είναι γνωστό από πολλά σπήλαια την ίδια περίοδο και αποδίδεται στην διαμόρφωση μιας μορφής αγροτικής λατρείας, ίσως για τις Νύμφες και τη φύση, η οποία εκφραζόταν στον σκοτεινό, υποβλητικό και υγρό χώρο των σπηλαίων.
