Οι Κουκουναριές στην Πάρο είναι φυσικά οχυρός λόφος στον όρμο της Νάουσας. Παρότι οι Μυκηναίοι οικιστές του λόφου, και οι επίγονοί τους έως την Αρχαϊκή περίοδο, ισοπέδωσαν τα παλαιότερα αρχιτεκτονικά κατάλοιπα, στοιχεία της Νεολιθικής και της Πρώιμης Εποχής του Χαλκού έχουν διασωθεί διασπαρμένα κάτω από τα δικά τους κτίσματα αλλά και άθικτα σε κάποια σημεία όπου δεν υπήρξε νεότερη οικοδόμηση.
Οι Νεολιθικοί πληθυσμοί εγκατέστησαν στις Κουκουναριές οικήματα από πασσάλους και πρόχειρους τοίχους γύρω στην 5η και 4η χιλιετία π.Χ. Χρησιμοποιούσαν σκουρόχρωμα, λειασμένα κεραμικά σκεύη ανάμεσα στα οποία αρκετά φέρουν υπολείμματα κόκκινης κρούστας, χαρακτηριστικό στοιχείο της εποχής. Τα περισσότερα αγγεία είναι ανοιχτές φιάλες, βαθιά κύπελλα και μικρά πιθάρια και κάποια φέρουν σχοινοειδή και ανάγλυφα κοσμήματα, καθώς και αποφύσεις.
Ένα μέρος των ευρημάτων εντοπίζεται χρονολογικά στο τέλος της Νεολιθικής και στη μετάβαση προς την Πρώιμη Εποχή του Χαλκού, περίοδο που στην περιοχή της βόρειας Πάρου αντιπροσωπεύεται από το νεκροταφείο του Πλαστηρά, απ’ όπου προέρχεται ένα σύνολο ειδωλίων με πολύ ιδιαίτερα χαρακτηριστικά.
Μετά από κενό μερικών εκατονταετηρίδων, νέοι κάτοικοι, της Πρώιμης Εποχής του Χαλκού (Πρωτοκυκλαδική ΙΙ), έκτισαν στην κορυφή του λόφου των Κουκουναριών ένα μικρό δίπατο οίκημα με αποθηκευτικούς χώρους και υπόγειο όπου υπήρχε και αγωγός απορροής ομβρίων υδάτων. Τμήματα μαρμάρινων ειδωλίων αυτής της περιόδου βρέθηκαν στις επιχώσεις του μυκηναϊκού οικοδομήματος: πρόκειται πιθανώς για αποθησαυρισμένα αντικείμενα που συλλέχθηκαν από του Μυκηναίους. Καθώς οι ανασκαμένοι πρώιμοι προϊστορικοί οικισμοί των Κυκλάδων είναι ελάχιστοι σε σύγκριση προς τα νεκροταφεία, ο οικισμός των Κουκουναριών αποτελεί πηγή πολύτιμων πληροφοριών για την οργάνωση του οικιστικού χώρου.
Ανασκαφή της Εν Αθήναις Αρχαιολογικής Εταιρείας (1974-1992, Δ. Σκιλάρντι).