Οι Κουκουναριές στην Πάρο είναι φυσικά οχυρός λόφος στον όρμο της Νάουσας. Παρότι οι οικιστές της Ύστερης Εποχής του Χαλκού κατασκεύασαν ακρόπολη και οι επίγονοί τους ίδρυσαν σημαντικά οικήματα σε διάφορα σημεία του λόφου έως την αρχαϊκή περίοδο και την εποχή του ποιητή Αρχίλοχου, πολλά στοιχεία της Νεολιθικής και της Πρώιμης Εποχής του Χαλκού έχουν διασωθεί διασπαρμένα κάτω από αυτά τα κτίσματα αλλά και άθικτα σε κάποια σημεία.
Οι νεολιθικοί πληθυσμοί εγκατέστησαν στις Κουκουναριές οικήματα από πασσάλους και πρόχειρους τοίχους γύρω στην 5η και 4η χιλιετία π.Χ. Ειχαν σκουρόχρωμα, λειασμένα κεραμικά σκεύη ανάμεσα στα οποία αρκετά φέρουν υπολείμματα κόκκινης κρούστας, χαρακτηριστικό στοιχείο της εποχής. Τα περισσότερα αγγεία είναι ανοιχτές φιάλες, βαθιά κύπελλα και μικρά πιθάρια και κάποια φέρουν σχοινοειδή και ανάγλυφα κοσμήματα και αποφύσεις.
Στο τέλος της Νεολιθικής και στη μετάβαση προς την Πρώιμη Εποχή του Χαλκού, ο λόφος συνεχίζει να χρησιμοποιείται. Η περίοδος αυτή συμπίπτει με τη χρήση του νεκροταφείου του Πλαστηρά, το οποίο βρίσκεται πλησίον των Κουκουναριών και είναι γνωστό από ένα σύνολο ειδωλίων με πολύ ιδιαίτερα χαρακτηριστικά. Ωστόσο, δεν υπάρχουν αντίστοιχα αντικείμενα στις Κουκουναριές.
Μετά από κενό μερικών εκατονταετηρίδων, σε επόμενη φάση της Πρώιμης Εποχής του Χαλκού (Πρωτοκυκλαδική ΙΙ), νέοι κάτοικοι έκτισαν στην κορυφή του λόφου των Κουκουναριών ένα μικρό δίπατο οίκημα με αποθηκευτικούς χώρους και υπόγειο όπου υπήρχε και αγωγός απορροής ομβρίων υδάτων. Ίσως, όμως δεν ήταν το μόνο κτίσμα, αλλά υπήρχαν και άλλα που καταστράφηκαν. Τμήματα μαρμάρινων ειδωλίων αυτής της περιόδου βρέθηκαν στα ερείπια του μυκηναϊκού οικοδομήματος: πρόκειται πιθανώς για αποθησαυρισμένα αντικείμενα που οι κατοπινοί οικιστές της Ύστερης Εποχής του Χαλκού είχαν μαζέψει από διάφορα σημεία του λόφου και είχαν κρατήσει ως συλλογή.
Καθώς οι ανασκαμένοι πρώιμοι προϊστορικοί οικισμοί των Κυκλάδων είναι ελάχιστοι σε σύγκριση προς τα νεκροταφεία, τα οποία μάλιστα είναι ιδιαίτερα πλούσια, ο οικισμός των Κουκουναριών αποτελεί πηγή πληροφοριών για τα χαρακτηριστικά του οικισμένου χώρου. Επίσης, επαναφέρει ερωτήματα για τις διαφορές που είχε ο εξοπλισμός των σπιτιών των προϊστορικών Κυκλαδιτών από αυτόν στα ταφικά τους μνημεία.



